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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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塞思·麦克法兰,阿德琳妮·帕里奇,佩妮·约翰逊,斯科特·格瑞恩斯,皮特·马孔,杰西卡·斯佐尔,J·李,马克·杰克逊,Amanda Joy Erickson,吉姆·马奥尼,Deep Rai,Jonny Siew,Kai Wener,安妮·文特斯
汉娜·乔恩-卡门,艾伦·阿什莫,卢克·马可法莱恩,斯蒂芬妮·列尼达斯,罗伯·斯特尔特,摩根·凯利,Tamsen McDonough,Sean Baek,Nora McLellan,Thom Allison,罗德里戈-费尔南德斯-斯托尔,罗伯特·克拉克,瑞恩·布雷克利,Savannah Burton,Thom Vernon
因巴尔·拉维,罗伯·希普斯,帕克·扬,玛丽安妮·芮登,史蒂芬·毕肖普,布莱恩·奔本,泰勒·汉德雷,凯瑟琳·拉·纳莎,玛雅·卡赞,萨姆·吉尔罗伊,保罗·安德斯坦,伊丽莎白·桑德斯,乌玛·瑟曼
伊桑·恩布里,布雷登·本森,艾琳·博特,Malone Thomas,汉娜·凯普尔,Monica Louwerens,Lowrey Brown,Kaelynn Harris,Olivia Hawthorne,Nico Gomez,Bruce Anthony Shepperson
迈克尔·切鲁斯,瑞秋·布罗斯纳安,克里斯托弗·邓汉,卡佳·赫尔伯斯,约翰·本杰明·西基,艾莉克希娅·法斯特,哈里·劳埃德,丹尼尔·斯特恩,奥莉维亚·威廉姆斯,阿什利·祖克曼,大卫·哈伯,马克·摩斯,卡罗尔·威尔斯,斯塔福德·道格拉斯,理查德·希夫
