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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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卡莉巴·海内,菲比·托金,Angus·McLaren,Burgess·Abernethy,克莱尔·霍尔特,Alan·David·Lee,Cleo·Massey,杰米·提莫尼,Ariu·Lang·Sio
卡雅·斯考达里奥,卢克·帕斯夸尼洛,杰克·奥康奈尔,奥利·巴比耶里,凯瑟琳·普雷斯科特,梅根·普雷斯科特,丽莎·巴克维尔,莉莉·拉芙莱斯,梅尔维·卢克巴,安伯莉·格利德里,瑞恩·波普,阿德拉约·阿德达约,Alan Westaway,宝林·奎克,史蒂夫·图森特,克里斯·艾迪生,洛伦娜·费尔南德斯,凯文·马塔迪恩,阿南·德赛-巴罗基亚
苏珊·萨兰登,特雷斯·阿德金斯,塔根·伯恩斯,安娜·弗莱尔,约书亚·萨斯,凯文·卡洪,利比·布兰顿,伊娃·阿穆里,玛莎·希加瑞达,费斯·普林斯,D.W.莫菲特,Meagan Holder,亚当·克罗斯代尔,达蒙达尤卜,瑞诗玛·谢蒂,汉娜·艾琳,贝丝·迪托,卡勒姆·科尔,奥马尔·莫卧儿,Gavin Bedell,Ava Grace,Grace Junot,Elena Murray,Justin Kucsulain
凯特琳·斯塔西,萨姆·瓦索洛梅奥斯,布莱恩·穆勒,伊莎贝拉·法雷尔,爱德华·伯恩斯,埃丽卡·赫尔南德斯,沃斯·史蒂文斯,Rebecca Gibel,Barrett Wilbert Weed,DonnaMarie Recco,Gigi Zumbado,Jan Luis Castellanos,Leslie Rodriguez Kritzer,Domenico Del Giacco
