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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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娜塔莉·伊曼纽尔,瑞贝卡·瑞滕豪斯,约翰·雷诺兹,尼基什·帕特尔,布兰登·史密斯,佐伊·博伊尔,索菲亚·拉·波塔,哈里什·帕特尔,古兹·可汗,詹米·德米特鲁,赫克托·贝特曼·哈登,埃米利奥·道加辛,拉卡·塔克雷尔,罗斯·汤姆林森,理查德·弗利施曼,艾米-费欧‧爱德华兹,汤姆·米森,阿什丽·曼德薇,阿历克斯·杰宁斯,内森·斯图尔特-贾瑞特,克利福德·罗斯,席亚拉·巴克森德尔,凯莉·霍华德,多米妮克·摩尔,理查德·迪克森,汤米·杜威,谢莉·康恩,皮特·艾甘,安迪·麦克道威尔,派翠西亚·霍吉,米兰卡·布鲁克斯,
丹尼尔·布鲁赫,卢克·伊万斯,达科塔·范宁,道格拉斯·史密斯,马修·希尔,马特·林茨,大卫·威尔莫特,马丁·麦克里迪,考莉安卡·基尔彻,泰德·拉文,哈维·威登,杰克逊·江恩,奥利弗·凯特
Griffith Kimmins,Lika Leong,Christopher McCulloch,Parker Simmons
玛莉丝卡·哈吉塔 , 凯莉·吉蒂什 , 艾斯-T , 劳尔·埃斯帕扎 , 达拉斯·罗伯特斯
佐伊·索尔达娜,欧吉尼奥·马斯特兰德雷亚,凯斯·大卫,Roberta Rigano,萨阿德·西迪基,鲁比·卡默尔,Jonathan Dylan King,Paride Benassai,Carlos Arellano,Lorenzo Pozzan,Rodney Gardiner,米达宁·拉希米,梅兰妮·米尼奇诺,伊丽莎白·安维斯,Tommy Kijas,Joseph Vassallo,道格·洛克,贾斯汀·柯恩,嘉科莫·吉安尼欧缇,丹妮尔·戴德怀勒,凯尼塔·史密斯,乔纳森·德尔·阿尔科,威廉·斯坦福德·戴维
