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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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克里斯托弗·米洛尼 , 玛莉丝卡·哈吉塔 , 理查德·贝尔泽 , 达恩·弗洛莱克
劳拉·琳妮,艾利奥特·佩吉,保罗·格罗斯,穆雷·巴特利特,查理·巴奈特,奥林匹娅·杜卡基斯,加西亚,梅·洪,维克多·加博,阿什利·朴,克里斯托弗·拉金,芭芭拉·加里克,佐莎·马梅特,蜜雪儿·伯托,迈克尔·帕克,马修·里施,萨曼莎·索尔,本杰明·泰思,丹妮拉·维加,达芬妮·鲁宾-维佳,莫利·林沃德,内尔松·阿森西奥,豪尔赫·科尔多瓦,卢克·柯比,珍·理查兹,爱娃林德丽,凯莉麦奎尔,泰勒·艾略特·伯克,弗兰克·迪尔,约翰·格洛弗,福琼·费姆斯特
伊夫林·布洛初,热雷米·拉厄尔特,Eugénie Derouand
莱娅·柯丝达,吉列尔莫·普宁,Thony Thornburg,Malcom McCarthy,友兰达·拉莫斯,伊洛伊·科斯塔,Kelly Lua,纳塔利娅·德·莫利纳,Franco Graziani,格蕾塔·费尔南德斯,Kotomi Nishiwaki,Rebeca Gómez Polo,Sílvia Tarragona,Nil Gómez,Anxo Rodríguez,阿涅丝·夏薇依,Luciana Littizzetto,娜乌西卡·邦宁,Ferran Adrià,Juanma Falcón,桑迪亚哥·
