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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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哈维尔·雷伊,Maria Rodríguez Soto,伊萨索·阿拉纳,Mariona Terés,戈德莉芙·范·登·布兰特,Monica Miranda,玛卡莲娜·加西亚,玛丽娜·马修斯,Juan Pino Rodil
弗兰塞斯克·奥雷利亚,大卫·索兰斯,卡洛斯.古尔巴斯,Pau Durà,Pepa López,佩雷·庞塞,Ana María Barbany,Marta Marco,Candela Antón,Albert Baró,Elisabet Casanovas,Júlia Creus,Marcos Franz,Adrian Grösser,Laia Manzanares
戴米恩·路易斯,保罗·吉亚玛提,玛姬·丝弗,玛琳·阿克曼,凯利·奥科,丹尼斯·布特斯卡里斯,克里斯托弗·邓汉,约翰·马尔科维奇,托比·莱昂纳德·摩尔,大卫·科斯塔贝尔,康多拉·拉沙德,艾莎·凯特·狄龙,杰弗里·德曼,克兰西·布朗,格伦·弗莱舍尔,丹尼·斯特朗,本·申克曼,史蒂芬·坤肯,大卫·斯特雷泽恩,杰瑞·奥康奈尔,玛利亚·莎拉波娃
乔安娜·加西亚,布洛克·艾略特,希瑟·海德利,克里斯·克莱因,贾斯汀·布恩宁,卡尔森·罗兰德,Logan Allen,安妮莉丝·扎治,Dion Johnstone,杰米·琳·斯皮尔斯,Chris Medlin,Harlan Drum,Sam Ashby,亨特·巴克,艾尔-贾勒尔·诺克斯,阿利森·金,卡罗琳·拉格菲尔特,迈克尔·梅伊,特雷西·邦纳,杰森·麦克唐纳,亚当·弗里斯托,威廉·麦克·麦库洛,布鲁克·杰伊·泰勒,加里·维克斯
