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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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Evan Arnold,Trisha Beharie,Caitlin Carmichael,John R. Colley,Joey Luthman,Camille Mana,Chad Michael Murray,Brandon Routh,Steve Schriver,Milo Ventimiglia,Nicky Whelan,Sarah Roemer
艾伦·卡明,博亚娜·诺瓦科维奇,丹尼尔·英格斯,莎朗·莉尔,纳威恩·安德利维斯,约翰·拉维尔,詹妮弗·费林,斯蒂芬·里德尔,安德鲁·罗森博格,迈克尔·B·希尔维,Rosie Benton,特拉维斯·范·文克
朱丽安·摩尔,克里夫·欧文,戴恩·德哈恩,姜成镐,詹妮弗·杰森·李,琼·艾伦,塞巴斯蒂安·尤金·汉森,乔瓦尼·塞伦塔诺,布莱恩·胡奇森,威尔·伯瑞,斯泰西·爱丽丝·科恩,阿尔玛·奎尔沃,Talia Cuomo,迈尔斯·G·杰克森,Jorge Luna,约翰·麦克金蒂,Daniel Hirsh,Claire Keane,Anastasia Veronica Lee,Andrea Abello,Clark Furlong,Jonathan Rayson,Ariana Jalia
