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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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杰森·普雷斯利,莎侬·多赫提,詹妮·加斯,伊恩·齐林,加布里埃尔·卡特里斯,卢克·贝里,布莱恩·奥斯汀·格林,Douglas Emerson,托蕊·斯培林,Carol Potter,詹姆斯·埃克豪斯,乔 E·塔塔,Ann Gillespie
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乔什·拉德诺,尼尔·帕特里克·哈里斯,艾丽森·汉妮根,寇碧·史莫德斯,杰森·席格尔
弗里德里克·贝希特,娜塔莉亚·别利茨基,奥古斯特·迪赫,肯·杜肯,克里斯蒂安·富里道尔,马克·霍泽曼,于尔根·毛雷尔,特里斯坦·皮特,沃坦·维尔克·默林,卡洛塔·凡·法尔肯海因,苏珊娜·伍艾斯特,罗珊妮·杜兰
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