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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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安吉拉·兰斯伯瑞,威廉·温德姆,罗恩·马萨克,路易斯·赫特哈姆,韦恩·罗杰斯
Evan Arnold,Trisha Beharie,Caitlin Carmichael,John R. Colley,Joey Luthman,Camille Mana,Chad Michael Murray,Brandon Routh,Steve Schriver,Milo Ventimiglia,Nicky Whelan,Sarah Roemer
帕梅拉·阿德龙,米奇·麦迪森,汉娜·阿利古德,奥利维亚·爱德华,西莉亚·伊姆里,丽贝卡·梅茨,阿莱西娅·雷纳,戴德里克·巴德,格雷格·克罗默,Milla Sofia Press,Jeremy K. Williams,马修·格拉夫,Adam Kulbersh,Caleb Mantuano,露茜·戴维斯,凯文·波拉克,艾玛·香农,克里·萨莫,艾利克斯·迪塞尔,哈里森·佩吉,马瑟·泽科尔,马库斯·弗拉纳根,马修·布罗德里克,亨利·托马斯,凯莱·弗莱明,玛莎·托马森,帕特里夏·斯坎隆,珍·理查兹,杰西卡·巴登,布
哈维尔·雷伊,Maria Rodríguez Soto,伊萨索·阿拉纳,Mariona Terés,戈德莉芙·范·登·布兰特,Monica Miranda,玛卡莲娜·加西亚,玛丽娜·马修斯,Juan Pino Rodil
