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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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安德鲁·加菲尔德,黛西·埃德加-琼斯,萨姆·沃辛顿,比利·豪尔,怀亚特·拉塞尔,丹妮斯·高夫,罗恩·米德,Beau McHattie,克里斯托弗·赫耶达尔,斯科特·迈克尔·坎贝尔,Taylor St. Pierre,尼古拉斯·卡雷拉,斯科特·奥林克,Alayna Edwards,Emily James,Sophia Fabris,泰娜·拉欣,扎克瑞·雷·谢尔曼,克洛伊·皮里,吉尔·伯明翰,罗瑞·卡尔金,赛斯·南里奇,Hannah Galway,阿德莱德·克莱蒙丝,莎拉·德贾斯丁,乔埃尔·法罗,史蒂文·麦卡
丹妮尔·罗丝·拉塞尔,阿里·沙哈塞米,卡尔利·布赖恩特,珍妮·博伊德,昆西·佛斯,佩顿·亚历克斯·史密斯,马修·戴维斯,阿尔奇·福尔蒂诺维茨,凯伦·戴维,德米特里厄斯·布里吉斯,凯蒂·加菲,扎齐·罗伊瑞格,劳伦·安塔里卡,史蒂夫·R·麦奎因,胡安·巴勃罗·甘博亚,艾琳·威斯布魯克
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