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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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苏珊·萨兰登,特雷斯·阿德金斯,塔根·伯恩斯,安娜·弗莱尔,约书亚·萨斯,凯文·卡洪,利比·布兰顿,伊娃·阿穆里,玛莎·希加瑞达,费斯·普林斯,D.W.莫菲特,Meagan Holder,亚当·克罗斯代尔,达蒙达尤卜,瑞诗玛·谢蒂,汉娜·艾琳,贝丝·迪托,卡勒姆·科尔,奥马尔·莫卧儿,Gavin Bedell,Ava Grace,Grace Junot,Elena Murray,Justin Kucsulain
莫蕾娜·巴卡琳,莱恩·米歇尔·巴特,科斯塔·罗宁,凯利·奥科,诺亚·比恩,乔丹 约翰孙-西德,Kamal Angelo Bolden,Mark D. Espinoza,亚伦·科斯塔·加尼斯,Charlotte Townsend,麦克斯·丹尼尔斯,Massiel Mordan,Jessica Cherniak,Karl Josef Co,Jared Johnston,布莱恩·多纳休
